11月12日，第34期王應(yīng)睞講座邀請(qǐng)了美國(guó)國(guó)家科學(xué)院院士、美國(guó)藝術(shù)與科學(xué)學(xué)院院士、美國(guó)發(fā)明家學(xué)院院士William (Bill) DeGrado教授主講，作題為“De Novo Protein Design of Functional Proteins”的報(bào)告。本期王應(yīng)睞講座由張少慶研究員主持。

William (Bill) DeGrado專注于小分子、多肽和蛋白質(zhì)的設(shè)計(jì)，致力于解決生物學(xué)機(jī)制問(wèn)題。報(bào)告中，DeGrado重點(diǎn)介紹了小分子結(jié)合蛋白的設(shè)計(jì)流程。首先通過(guò)參數(shù)化設(shè)計(jì)或生成式AI得到初步的蛋白結(jié)構(gòu)；相應(yīng)的結(jié)構(gòu)通過(guò)Rosetta，LigandMPNN等工具優(yōu)化序列；得到的序列將再次使用Alphafold，ESMfold，Raptor-X-Single等AI工具預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)。對(duì)于蛋白質(zhì)-小分子復(fù)合物的情形，研究者將使用Glide，Autodock，CHAI-1等工具進(jìn)行分子對(duì)接，并最后通過(guò)Amber，OpenMM等工具進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，篩選具有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證價(jià)值的候選蛋白，這些蛋白還可以進(jìn)一步定向優(yōu)化，以捕獲計(jì)算無(wú)法察覺的特征。除小分子結(jié)合蛋白以外，DeGrado還提及了能夠優(yōu)化納米孔測(cè)序效果的新蛋白，展現(xiàn)了蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)領(lǐng)域的多樣性。講座受到中心師生的關(guān)注，大家與DeGrado積極互動(dòng)，踴躍參與討論，現(xiàn)場(chǎng)氣氛熱烈。講座結(jié)束后中心所務(wù)委員陳劍峰研究員為William (Bill) DeGrado教授頒發(fā)了王應(yīng)睞講座榮譽(yù)證書。

William (Bill) DeGrado是加利福尼亞大學(xué)舊金山分校藥物化學(xué)系Toby Herfindal Presidential創(chuàng)業(yè)與創(chuàng)新教授和Pliant Therapeutics公司科學(xué)聯(lián)合創(chuàng)始人。作為蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的先驅(qū)，他創(chuàng)造了"蛋白質(zhì)從頭設(shè)計(jì)"這一術(shù)語(yǔ)。

所務(wù)委員陳劍峰研究員為William (Bill) DeGrado教授頒發(fā)王應(yīng)睞講座榮譽(yù)證書