1月19日，中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心（生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所）陳玲玲研究員受邀組織國(guó)際同行專家達(dá)成共識(shí)，在Nature Cell Biology發(fā)表題為“A guide to naming eukaryotic circular RNAs”的論文，系統(tǒng)地對(duì)環(huán)形RNA命名進(jìn)行了梳理和總結(jié)，提出了環(huán)形RNA規(guī)范命名原則，并呼吁領(lǐng)域同行專家共同努力，推動(dòng)環(huán)形RNA命名規(guī)范化進(jìn)程，促進(jìn)環(huán)形RNA研究交流和發(fā)展。
與其它早期發(fā)現(xiàn)的環(huán)形RNA（例如病毒基因組環(huán)形RNA和真菌自剪接產(chǎn)生的環(huán)形RNA等）不同，最近10年的研究發(fā)現(xiàn)外顯子反向剪接來(lái)源的環(huán)形RNA（circular RNA of back-splicing of eukaryotic exons，簡(jiǎn)稱為circRNA）在真核生物細(xì)胞中廣泛表達(dá)，其數(shù)目可達(dá)數(shù)十萬(wàn)個(gè)；更為重要的是，circRNA可通過(guò)多種分子機(jī)制在生理或病理狀態(tài)下發(fā)揮重要的生物學(xué)功能，這也使針對(duì)環(huán)形RNA的研究成為領(lǐng)域前沿之一。但是，領(lǐng)域內(nèi)對(duì)circRNA的命名欠缺統(tǒng)一規(guī)范，在一定程度上阻礙了科研成果的有效分享。例如，同一個(gè)基因位置可以產(chǎn)生多個(gè)環(huán)形RNA，簡(jiǎn)單地利用“circ”前綴加基因名的命名方式無(wú)法準(zhǔn)確定義給定的一個(gè)環(huán)形RNA（圖1）。為解決該難題，陳玲玲研究員應(yīng)邀組織一批國(guó)際同行專家提出了統(tǒng)一的環(huán)形RNA命名方式，可有效區(qū)分相同基因位置的不同circRNA轉(zhuǎn)錄本。
環(huán)形RNA領(lǐng)域?qū)＜疫_(dá)成共識(shí)，以以下規(guī)范命名環(huán)形RNA。首先，在現(xiàn)有“circ”前綴加基因名命名的基礎(chǔ)上，建議加入對(duì)應(yīng)外顯子序號(hào)信息，以區(qū)分來(lái)源于同一個(gè)基因位置但具有不同外顯子（包括可變反向剪接外顯子和內(nèi)部可變剪接外顯子）組成的環(huán)形RNA（圖1和2d）。其次，針對(duì)環(huán)形RNA內(nèi)部存在的其它可變剪接形式，建議加入特定字符RI（retained intron）、S（short）或L（long）以明確內(nèi)部可變剪接產(chǎn)生的內(nèi)含子或外顯子信息（圖2e-g）。另外，對(duì)于包含現(xiàn)有注釋中不存在外顯子（包括可變反向剪接外顯子和內(nèi)部可變剪接外顯子）的環(huán)形RNA，建議使用NE（new exon）作為占位符以示區(qū)分（圖2h和2i）。最后，針對(duì)來(lái)源于融合基因的環(huán)形RNA，專家們建議與國(guó)際最新的融合基因命名方法統(tǒng)一，在兩個(gè)融合基因之間以“::”標(biāo)注，并加入所含外顯子的序號(hào)信息（圖2j）。
專家們同時(shí)指出，環(huán)形RNA的命名建立在國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)基因和轉(zhuǎn)錄本命名基礎(chǔ)上，因此提供配套的基因（和轉(zhuǎn)錄本）注釋信息對(duì)于規(guī)范環(huán)形RNA命名至關(guān)重要。除了利用常規(guī)的NCBI和EMBL-EBI注釋信息，MANE（Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI）注釋信息可在今后也用于環(huán)形RNA的注釋。專家們還建議，今后研究中除了統(tǒng)一命名，標(biāo)注環(huán)形RNA基因組位置（及其版本）、具體序列、以及清晰的結(jié)構(gòu)示意圖等將為有功能的環(huán)形RNA研究共享和交流提供便利。
該領(lǐng)域觀點(diǎn)論文由中科院分子細(xì)胞卓越中心陳玲玲研究員聯(lián)合來(lái)自于中國(guó)、美國(guó)、德國(guó)、丹麥、意大利和新加坡等的15位國(guó)際同行專家完成，陳玲玲研究員、復(fù)旦大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究院楊力研究員和美國(guó)貝勒醫(yī)學(xué)院Jeremy Wilusz教授為該論文的共同通訊作者。
文章鏈接： https://www.nature.com/articles/s41556-022-01066-9
圖1 環(huán)形RNA的可變環(huán)化現(xiàn)象
圖2 環(huán)形RNA命名規(guī)范示意圖
